次世代シーケンサーとqPCRの違い

※このサイトはイルミナをスポンサーとして、Zenken株式会社が運営しています。

特定のDNAやRNAの定量に特化した解析方法であるqPCR。ここでは「次世代シーケンサーとの違い」をテーマに、それぞれのメリット・デメリットや使い分けなどについて詳しくご紹介します。

次世代シーケンサーとqPCRの
主な違い

次世代シーケンサーが遺伝子配列を網羅的に解析できるのに対し、qPCRは「特定の配列にターゲットを絞り、ピンポイントで増幅する」のが特徴です。

また、次世代シーケンサーは未知の配列も検出できますが、qPCRは既知の配列のみを検出する方法となります。ただし、既知の遺伝子の有無と発現量という目的に限っては、高精度な相対定量が可能です。

次世代シーケンサーとqPCRの
メリット・デメリット

	qPCR	次世代シーケンサー
メリット	迅速に目的に合わせた高精度な定量が可能操作が比較的容易で、解析もシンプル少数ターゲットの検証やバリデーションに適切コストが安く、装置もコンパクト	既知の転写産物と新規の転写産物、両方を検出できる遺伝子発現のわずかな変化でも検出が可能多検体・多ターゲットの同時解析が可能(高スループット) 定量性が高く、RNA-Seqなどで発現量の比較も可能
デメリット	既知の配列しか解析できない(未知の遺伝子は対象外) 同時解析できる遺伝子数が限られる(数個～数十個) 網羅性が低いため、ゲノム全体の変異や構造の把握は難しい	専門的なスキルとツール(初期コスト)が必要解析に時間がかかり、データ量も膨大なため管理・保存のハードルが高い

次世代シーケンサーとqPCRの
使い分け

次世代シーケンサーが複数の遺伝子の解析や網羅的な解析に適しているのに対し、qPCRは「既知の遺伝子の発現量を定量したい」「少数の遺伝子を短時間で検証したい」といった具体的な目的がある場合の解析に向いています。

また、費用や装置もコンパクトに抑えやすいことから、コストや設備に制約がある場面でも心強い存在だと言えるでしょう。

はじめて購入するなら
イルミナの次世代シーケンサー

世界1万以上の研究機関への
導入実績あり

イルミナの次世代シーケンサーの中でも、初導入に特に適した「MiSeq i100 シリーズ」は、これまでに世界1万以上の研究機関・医療機関・企業で採用されてきた実績（2025年12月調査時点）を持つMiSeq™システムをベースに開発されています。MiSeq™システムはさらに、16万件を超える査読付き論文で引用されており、まさに“世界標準”と呼べる装置です^※。

この豊富な導入実績により、イルミナ装置を使うことで既存の膨大な論文データと自分の研究を比較・再現しやすくなり、論文の説得力も高めやすいという大きなメリットが得られます。

※参照元：イルミナ公式HP（https://jp.illumina.com/systems/sequencing-platforms/miseq-i100.html）

国内在籍の手厚いサポートで
操作トラブルもすぐに解決できる

本社は米国にありますが、日本国内には日本人のテクニカル／フィールドサポートスタッフが多数常駐しており、導入前後を通じて非常に手厚いサポートを受けられます。多くのスタッフが研究者としての経験を持つため、単なる操作トラブルの対応にとどまらず、研究目的やサンプル特性に応じた適切な解析手法まで丁寧にアドバイスしてくれます。

さらに、国内には専用ラボも整備されているため、購入前に実機を確認したり、試しに運用してみることも可能で、安心して装置導入を検討できます。