次世代シーケンサーとマイクロアレイの違い

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マイクロアレイは、従来よりRNAの遺伝子発現量を網羅的に測定できる方法として用いられてきました。ここでは近年普及する「次世代シーケンサー」と比較し、そのメリットやデメリット、使い分け方、具体的な事例などを詳しくご紹介します。

次世代シーケンサーと
マイクロアレイの主な違い

いずれも遺伝子発現を網羅的に解析できる次世代シーケンサーとマイクロアレイですが、主な違いとしては「未知の配列を検出可能か」や「検出感度の高さ」、「解析難易度」などの違いがあります。

次世代シーケンサーは低発現遺伝子や未知の配列なども高感度で検出可能ですが、マイクロアレイに比べるとやや解析難易度は上がるでしょう。

次世代シーケンサーと
マイクロアレイの
メリット・デメリット

	マイクロアレイ	次世代シーケンサー
メリット	解析手法が確立しており、手順が比較的簡単コストが比較的安く、短時間で結果を得やすいデータサイズが小さいため、扱いやすいバイオインフォマティクスに詳しくない場合も解析が可能	既知・未知の配列を網羅的に解析可能ディープシーケンスにより、低頻度バリアントや微細な変異も検出できるゲノム解析、エピゲノム、メタゲノム、トランスクリプトームなど多様な解析に対応定量性が高く、再現性も良好
デメリット	未知の配列は検出できない発現量の少ない遺伝子は検出が難しいスプライシングバリアントや新規転写産物の検出が困難	専門的なスキルとツール（初期コスト）が必要データ量が膨大なため、ターゲットによっては時間がかかる

次世代シーケンサーと
マイクロアレイの使い分け

次世代シーケンサーとマイクロアレイは、主に「解析目的」や「予算」、「未知の遺伝子情報を検出する必要があるか」などで使い分けられます。マイクロアレイはデータが軽く扱いやすく、コストも抑えられるのが特徴なので、シーケンス初心者の方にもおすすめできる方法だと言えるでしょう。

また、マイクロアレイでスクリーニングした後、次世代シーケンサーで詳細解析を行うといった組み合わせで活用するのも一つの手段です。

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